To jedna z najmniej oczywistych warstw miasta. Część nekropolii nadal istnieje, część zniknęła, a część jest prawie niewidoczna. Razem pokazują wielowyznaniową, wojenną i powojenną historię Mrągowa.
Układ opiera się na archiwalnym materiale Informacji Turystycznej w Mrągowie z 2012 r., uzupełnionym danymi NID tam, gdzie są dostępne.
Na wzgórzu przy ul. Brzozowej, u stóp Wieży Bismarcka. Archiwalny opis IT Mrągowo wskazuje, że nekropolia funkcjonowała od 1853 do 1998 roku. To jeden z trzech mrągowskich cmentarzy wymienionych w tym materiale jako wpisane do rejestru zabytków.
Położony na obszarze dawnego cmentarza ewangelickiego, poniżej Wieży Bismarcka. Według archiwalnego materiału pochowano tam kilkudziesięciu żołnierzy różnych armii, przede wszystkim Francuzów i Rosjan.
Znajdował się przy skrzyżowaniu ulic Brzozowej, Mickiewicza i Mrongowiusza. W latach 30. XX wieku został zdewastowany, a w 1947 r. teren zniwelowano. To jeden z najmocniejszych śladów żydowskiej historii miasta, mimo że fizycznie prawie zniknął.
Niewielka nekropolia na skarpie naprzeciw dawnego kirkutu. Powstała z niezagospodarowanej części cmentarza ewangelickiego i służyła rodzinom prawosławnym osiedlającym się w Mrągowie po wojnie.
Nieużytkowany obecnie cmentarz związany z powojenną historią miasta. Archiwalny opis wspomina mieszkańców różnych wyznań i ludzi, którzy po 1945 roku organizowali polską administrację oraz odbudowywali Mrągowo.
Założony podczas epidemii tyfusu, zwanej wtedy „nerwową gorączką”. Lokalna tradycja wiąże to miejsce m.in. z burmistrzem Lyśniewskim i pierwszym kronikarzem Mrągowa Bogumiłem Drobnickim. W archiwalnym opisie podano, że zachowało się około 10 nagrobków.
Mały cmentarz powstał na terenie dawnego Domu Pensjonariuszy, późniejszego DPS przy ul. Młodkowskiego. Opracowanie opisuje go jako miejsce związane z bardzo trudną wojenną historią pensjonariuszy, głównie Warmiaków.
Po zajęciu regionu utworzono w Mrągowie miejsce pochówku żołnierzy radzieckich. W 1952 r. cmentarz zlikwidowano, a szczątki ekshumowano na większe nekropolie w Braniewie i Elblągu.
Rodzinny cmentarzyk położony w pobliżu rzeczki łączącej jezioro Czos z Czarnym i dawnych stawów rybnych. Powstał w 1914 r.; pochówki trwały do 1945 r., a kilka osób pochowano jeszcze w latach 1945–46.
Cmentarze pokazują znacznie więcej niż same pochówki. W Mrągowie dokumentują obecność ewangelików, Żydów, prawosławnych, mieszkańców powojennych, ofiary epidemii oraz skutki dwóch wojen światowych.
To jeden z tych działów, który może zaskoczyć nawet ludzi mieszkających w Mrągowie od wielu lat.